Родился 7.11.1920 г. в д. Соловейки Пречистенского р-на Смоленской области. Окончил математический факультет Ярославского педагогического института. Два года проработал учителем начальных классов, после чего был призван на военную службу.
В период Великой Отечественной войны служил в действующей армии, был дважды ранен и контужен, награжден орденами Отечественной войны 1-ой степени, Красной звезды и медалями.
В июне 1975 года доцент А.Я. Афанасьев был назначен на должность ректора педагогического института города Шуя. До 1986 года он руководил вузом, оставив заметный след в его истории:
При ректоре А.Я. Афанасьеве значительно укрепилась материальная база института: завершено строительство нового учебного корпуса на 1176 мест, студенческой столовой на 120 мест, лыжной базы, стрелкового тира, гаража, спортивно-оздоровительного лагеря, были оборудованы 25 лабораторий и кабинетов, открыты телецентр и телестудия, лингафонные кабинеты, первый компьютерный класс, лаборатория ЭВМ. В 1976 году вступило в строй второе студенческое общежитие.
Мирный труд А.Я. Афанасьева был отмечен орденами «Октябрьской Революции», «Знак Почета», а также нагрудными знаками «За отличные успехи в работе» и «Отличник народного просвещения».