Шуйский филиал Ивановского государственного университета как высшее заведение РФ ведет свою историю от 11 августа 1952 г., когда постановлением Совета Министров СССР Шуйский учительский институт (ШГУИ) в числе 14 других учительских институтов РСФСР был реорганизован в педагогический институт (ШГПИ) с четырехлетним сроком обучения. Было решено организовать в институте два факультета - физико-математический и русского языка и литературы. Но история некоторых подразделений ВУЗа уходит своими корнями в 1939 г. - год создания в Шуе учительского института.
Первым директором (ректором) стал И.В. Ильин, который занимал это пост до 1956 г.
Весной 1956 г. в ШГПИ состоялся первый выпуск учителей с полным высшим образованием. Диплом получило 145 человек, которые были направлены в разные регионы страны.
В последующие годы педагогический институт активно развивался. В конце 60 - начале 70 -х гг. XX в. расширились специальности подготовки будущих учителей (история, черчение, начальные классы), увеличилось количество структурных подразделений ВУЗа (открытие заочного отделения и новых кафедр). Но затем сложилась сложная ситуация, вызванная уменьшением количества студентов и текучестью преподавательских кадров. Встал вопрос о закрытии института, был прекращен прием. Но благодаря поддержке местных партийных органов идея закрытия не была реализована. В 1973 г. решение о закрытии сменилось другим государственным постановлением - о развитии ВУЗа. Возобновились приемы на физико-математический и филологический факультеты, был открыт факультет педагогики и методики начального обучения, а в 1974 г. - физической культуры. Институту было присвоено имя Д.А. Фурманова. Была укреплена материальная база высшего учреждения - построен новый учебный корпус и общежития.
В дальнейшем процессы структурной реорганизации продолжались: в 1987 году открылся индустриально-педагогический факультет, а в 1994 - социально-гуманитарный.
В 1996 г. Шуйский государственный педагогический институт получил статус педагогического университета (ШГПУ). Первым ректором университета стал Е.С. Гуртовой, до этого возглавлявший институт с 1985 г. К этому времени в ШГПУ функционировало 6 факультетов, 27 кафедр, аспирантура и докторантура, в ВУЗе обучалось свыше 5000 студентов. В конце 1990 -х - начале 2000 -х гг. были открыты Советы по защите диссертации по педагогике и психологии, этике и культурологии, началась подготовка по новым специальностям и направлениям подготовки на факультете искусств и социально-гуманитарном. В это время был построен новый учебный корпус.
Министерством образования и науки РФ подписан приказ № 106 от 14 февраля 2012 г. о реорганизации федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Ивановский государственный университет» и федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Шуйский государственный педагогический университет» в форме присоединения к Ивановскому государственному университету Шуйского государственного педагогического университета в качестве обособленного структурного подразделения (филиала). С 11 января 2013 г. Шуйский государственный педагогический университет стал обособленным структурным подразделением (филиалом) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Ивановский государственный университет».